Амортизацию посчитают по-любому.
Это в правилах по ОСАГО написано и даже указаны % в зависимости от года выпуска ТС.
Надо, да, топать в независимую экспертизу, и страховая будет обязана ее оплатить.
Стоимость ремонтных работ расчитывают по определенным коэффициентам исходя из средней стоимости данного вида услуг по региону. Они тоже в каком-то официальном документе должны быть.
Читайте правила страховой компании.